Первый слайд презентации: Базы данных по геномам модельных организмов. S. cerevisiae
Слайд 2
Дрожжи – это одноклеточные грибы, которые относятся к классу Ascomycetes. Методы, проводимые по цитологии, биохимии, генетике и в других различных отраслях эукариот были впервые получены на дрожжах рода Saccharomyces. В первую очередь на виде Saccharomyces cerevisiae-пекарские или пивные дрожжи.
Слайд 3
Дрожжи – это организмы, которые способны существовать только за счёт гликолиза, которые не гибнут при образовании мутаций в геноме митохондрий, препятствующем их нормальному развитию.
Слайд 4
В 1925 году Г. А. Надсоном и С. Г. Филипповым были проведены генетические исследования, в которых был открыт радиационный мутагенез, проведённый на модельном объекте – дрожжи.
Слайд 5
SGD предоставляет доступ в Интернет к полной последовательности геномной ДНК Saccharomyces cerevisiae, ее генам и продуктам, фенотипам его мутантов и литературе, подтверждающей эти данные.
Слайд 6
SGD продолжает поддерживать геномную номенклатуру S. cerevisiae. Задача состоит в том, чтобы продвигать определенные в сообществе стандарты номенклатуры и обеспечивать соблюдение согласованных руководящих принципов при наименовании новых генов или назначении новых имен ранее идентифицированным генам.
Слайд 7
SGD продолжает поддерживать геномную номенклатуру S. cerevisiae. Задача состоит в том, чтобы продвигать определенные в сообществе стандарты номенклатуры и обеспечивать соблюдение согласованных руководящих принципов при наименовании новых генов или назначении новых имен ранее идентифицированным генам.
Слайд 8: Методы анализа SGD
BLAST, Basic Local Alignment Search Tool, программа предназначена для поиска похожих областей между биологическими последовательностями. SGD позволяет пользователям выполнять BLAST-поиск наборов данных последовательности S. cerevisiae. Грибковый BLAST позволяет искать между несколькими последовательностями грибов Генная Онтология (GO) Term Finder ищет значимые общие термины GO или их родителей и используется для описания запрашиваемых генов, чтобы помочь пользователям узнать, что общего имеет ген. GO Slim Mapper отображает аннотации группы генов в более общие термины и / или объединяет их в широкие категории. Сопоставление с образцом – это ресурс, который позволяет пользователям искать короткие нуклеотидные или пептидные последовательности, содержащие менее 20 остатков, или неоднозначные / вырожденные структуры.