В 1237 году бесчисленные войска монголов вторгаются на территорию Руси. Сначала опустошены были Рязанское и Владимирское княжества. Население их было вырезано, церкви и монастыри разрушены или осквернены. При осаде Москвы применялись метательные машины. Захватив Москву захватчики не щадили никого и ничего: «… а люди избиша от старьца и до сущаго младенца, а градъ и церкви святыя огневи предаша и манастыри вси и села пожгоша ». Завоеватели, как пишет мусульманский историк Джувейни, «ничего от города не оставили, кроме его имени». В феврале был осажден Владимир.
4 марта 1238 года у реки Сить (северо-запад современной территории Ярославской области) состоялось одно из ключевых сражений с монголами за Северо-Восточную Русь. Монгольские войска скрытно подошли к реке. Юрий Всеволодович, собиравший русское ополчение, не ожидал столь скорого подхода монгольских войск. После двухдневного боя русское войско было разгромлено, князь Юрий Всеволодович погиб. Воскресенская летопись о битве говорит так: " Бысть сеча злая и велика, и побегоша перед иноплеменники. И ту убиен бысть великий князь Юрьи Всеволодович на реце Сити, и вой его много погибоша ".
Монголы захватили огромные территории. Но сопротивление Золотой Орде не было сломлено. Разрозненные выступления против Орды были в 1252, 1262, 1289, 1297 годах, однако все они заканчивались поражением. Сохранилось предание о том, что в 1257 году жители Ярославля подняли восстание против ордынцев. Возглавил восставших ярославский князь Константин Всеволодович. Ярославцы были разбиты, князь погиб. Место битвы называется Туговой горой в память о трагических событиях того времени.
Монгольские ханы считали, что любая религия является способом познания божества и не облагали налогом духовенство. В Золотой Орде были представлены все мировые религии. На территории Золотой Орды разрешалось отправление христианской веры, хотя православным митрополиту и духовенству под страхом смерти вменялось в обязанность «молиться Богу за хана, семейство и воинство его». В 1312 году в Золотой Орде в качестве государственной религии был принят ислам.
В 1242 году главой Русской Церкви был поставлен митрополит Киевский Кирилл. Киев был разграблен и разрушен и митрополит чаще всего жил во Владимире. Кирилл пользовался большим уважением, как русских князей, так и ордынских ханов. Он получил ханский ярлык, предоставляющий льготы Православной Церкви : освобождение от уплаты "ордынской дани", от постоя ордынских отрядов, от уплаты таможенных сборов. Но в результате призывов священнослужителей к терпению и покорности Орде авторитет Церкви начал падать.
Усилиями Кирилла было сделано многое, чтобы восстановить доверие к Церкви. В столице Золотой Орды Сарае, где находилось немало русских пленников, была образована особая епархия. В 1270 году Кирилл своим вмешательством остановил, войну между новгородцами и тверским князем Ярославом Ярославичем. Он поддерживал политику Александра Невского по прекращению междоусобных распрей. Его заботой было собирание духовных и материальных сил Руси, мобилизация народа на борьбу с ордынским владычеством.
Митрополиты помогали московским князьям в проведении объединительной политики и защите русских земель от татарских набегов. Упорнее всех других княжеских родов того времени вел борьбу с князьями московскими за первенство на Руси тверской князь Александр Михайлович. Борьба с Тверью закончилась победой Москвы, когда в Твери поднялось восстание против ордынцев, и тверской князь Александр Михайлович, испугавшись ордынской немилости, был вынужден прятаться в Пскове. За нарушение порядка митрополит Феогност отлучил князя и поддерживающих его псковитян от Церкви. Отлучение было мощным оружием. В провинившемся городе закрывались храмы, запрещалось выполнять религиозные обряды, что для религиозного народа было тяжёлым наказанием.
