Молекулярный уровень организации живого основан на функционировании двух классов веществ: нуклеиновых кислот и белков. Первые – хранят и передают информацию о структуре белков, вторые – реализуют все процессы жизнедеятельности.
Насыщены азотом (16 – 25%) Имеют большую молярную массу Амфотерны Обладают определенной пространственной конформацией Подвергаются денатурации
Пластическая Каталитическая Регуляторная Рецепторная Защитная Транспортная Механическая (опорная) Сократительная Депонирующая Энергетическая Трасферрин Миоглобин Глюкагон G – белковый комплекс Иммуноглобулин А Коллаген Актин Лизоцим Альбумин Транскортин Ферритин Липопротеинлипаза Кальцитонин Кератин Фибриноген
По химическому строению (простые и сложные) По форме молекул (фибриллярные и глобулярные) По функциональному признаку
Все физико – химические свойства белков определяются их аминокислотным составом. Аминокислоты – производные жирного и ароматического ряда, содержащие аминогруппу и карбоксильную группу. В составе клеток выделяют : 20 белковогенных,«кодируемых» аминокислот(альфа –аминокислоты) Редкие, минорные аминокислоты (образуются посттрансляционно): оксипролин, оксилизин. Цистин образуется из двух близко стоящих остатков цистеина Свободные, небелковогенные аминокислоты (орнитин, цитрулин, таурин). Более 150 аминокислот.
По радикалу (алкильные, ароматические, имино-, амиды, серусодержащие, оксикислоты, дикарбоновые, диаминомонокарбоновые) По полярности (неполярные, полярные заряженные и незаряженные) По биологическому значению (заменимые, незаменимые, относительно- и условно- незаменимые)
М. масса - в среднем 100 Да Оптически активны (имеют ассиметричный атом С, кроме глицина):право (+) и лево (-) вращающие. Имеют стереоизомеры L- и D. Амфотерны. Степень ионизации амино- и карбоксильной групп зависит от рН среды. Значение рН среды, при котором аминокислоты электронейтральны – ИЭТ. Имеют разную растворимость в полярных (вода) и неполярных (спирты) растворителях. Поглощают свет в ультрафиолетовой области (260-280 нм).
Трехбуквенное обозначение : Гли ( Gly), Ала (Ala). Однобуквенные символы : Цистеин ( C ), аспартат ( D ),метионин ( M ), тирозин ( T). (В основном применяется в США).
17 -18 вв. –выделение из различных растительных и животных источников вязких, клейких, свертывающихся при нагревании веществ. Выделение и кристаллизация из гидролизатов этих веществ различных аминокислот. 1838г. Г.Я.Мульдер - предположение о строении белков, термин «протеины». 1888г. – А.Я.Данилевский открывает пептидную связь в белках (реакция Пиотровского). 1902г. – Э.Фишер, А. Гоффмейстер – пептидная теория строения белков, синтез первых пептидов ин витро. 1925г. – Сведберг изобретает метод ультрацентрифугирования и определяет молярную массу белков 1951г. – Л.Полинг рассчитывает и экспериментально доказывает существование альфа –спирали как вторичной структуры белка 1953г. – Сэнджер расшифровывает первичную структуру инсулина, Перутс и Кендрью устанавливают трехмерную пространственную структуру миоглобина. Мур, Стейн изобретают автоматический анализатор аминокислот. Последнее десятилетие – эра протеомики
Структура белковой молекулы в первую очередь определяется последовательностью аминокислот в полипептидной цепи. Каждая полипептидная цепь имеет практически единственную энергетически выгодную и функционально активную конформацию. Четыре уровня организации белковых молекул отличаются природой связей, необходимых для их поддержания (сила, регулярность, количество связей).
Основная связь – пептидная, прочная, ковалентная, образующая жесткий остов молекулы. Свойства пептидной связи: Короткая (длина 1,32 Å ), «почти двойная», нет вращения вокруг оси С – N. Прочная, гидролизуется в 6 N НС l, при 100 0 С, в течение 6 часов. Копланарная структура трансположением атомов N и Н. Способна к образованию 2 водородных связей (в случае пролина – 1). Может существовать в кето - и энольной (в щелочной среде) форме. Образуется при участии пептидил-трансферазы на рибосомах, при внерибосомальном синтезе ин виво и ин витро.
Дисульфидные связи ( S – S) Образуется при спонтанном окислении SH –групп близкорасположенных остатков цистеина в первичной структуре. Разрушается при восстановлении или еще более сильном окислении.
Первичная последовательность аминокислот, кодируемая нуклеотидами ДНК, определяет дальнейшую укладку полипептида в пространстве. Зная расположение аминокислот, можно просчитать возможность образования и силу связей, а значит и пространственную структуру белка.
Рентгеноструктурный анализ кристаллов пептидов, определение длин и углов связей. Предсказали, а потом экспериментально доказали строение пептидных групп и a - спиральной структуры белков.
Денатурированная, раскрученная спираль рибонуклеазы теряет ферментативную активность. Восстановление конформации при ренатурировании ведет к восстановлению функции фермента. См. рис.
Получить чистую фракцию белка Определить, сколько C- или N- концов, т.е. сколько полипептидных цепей в составе белка. Если – несколько, разделить их и выделить гомогенную фракцию. Если молекула кольцевая – разрезать. «Нарезать» полипептид на более короткие отрезки.(Метод перекрывающихся пептидов Сенджера).
Специфический химический гидролиз пептидных связей (после реакции с бромцианом С –концевой аминокислотой оказывается метионин; гидроксиламин разрушает связь между аспартатом и глицином). Ферментативный гидролиз сайтспецифичными экзо- (лейцинамипептидаза, карбоксипептидаза) и эндопротеиназами (пепсин, трипсин, химотрипсин и т.д.).
Специфические реакции с N – или C- концевыми аминокислотами (реакции Сэнджера, Эдмана, дансилхлоридная ит.д.) Отделение «меченой» концевой аминокислоты от оставшейся последовательности Идентификация концевой аминокислоты (хроматография).
Регулярная, периодическая структура создается вращением радикалов аминокислот вокруг a – С атома. Белки имеют форму фибрилл, жгутов или образуют слои. Стабилизируется в пространстве за счет кооперативного эффекта множества водородных связей между пептидными группировками (1 – 4 связь – виток спирали, 1 – 3 связь – поворот на 180 0 ).
a - спираль, право – (чаще для L - аминокислот) или левозакрученная, полный виток спирали 5,4 Å (3,6 остатка аминокислот), угол подъема 26 0. Водородные связи расположены параллельно оси спирали. b - складчатая структура, водородные связи расположены перпендикулярно оси полипептида или нескольких цепей (параллельных или антипараллельных). В пространстве образуются слоистые структуры.
Степень спирализации в полипептидах м.б. от 0 до 80 – 90%. Чем больше степень спирализации, тем больше форма молекулы приближается к фибриллярной. Факторы, препятствующие a – спирализации (наличие радикалов): Про-, оксипро- Рядом стоящих одинаково- или разно-заряженных радикалов Асп-. c ер-, тре-, лей- (если находятся рядом). Высокая степень a - спирализации в миоглобине, миозине, фибрине. В химотрипсине практически нет a - спиральных участков.
В различных белках есть разные структурные мотивы (единицы скручивания ): aa - ab - bb -. Радикалы глу, мет, ала, лей тяготеют к образованию a –спиралей; вал,тир, изолей – к b -c кладчатой структуре. Более того, возможны взаимные переходы a - b - структур.(В щелочной среде, при нагревании происходит разрыв водородных связей, восстановление дисульфидных мостов, растягивание спирали: a – кератин превращается в b. «Гладкие» волосы становятся «волнистыми».)
Коллагеновая суперспираль – фибриллярный, нерастворимый белок соединительной ткани. Субъединицей является тропоколлаген – три полипептидных цепи, закрученных друг вокруг друга. В первичной структуре много глицина, пролина, оксипролина и оксилизина. Вытянутые спирали стабилизированы стерическим отталкиванием колец пролина и оксипролина и поперечно – расположенными водородными связями.
Коллаген –сложный белок (гликопротеин), остатки глюкозы или галактозы ковалентно соединены с ОН- группами оксипролина и оксилизина. ОН- модификация про и лиз осуществляется Fe 2+ - зависимой пролил-лизил-гидроксилазой. Восстановленная форма железа поддерживается аскорбиновой кислотой. ( механизм развития цинги ).
Лейциновые застежки Цинковые пальцы В - бочонки
Дж. Кендрью (1956г., Кембридж ) –рентгеноструктурный анализ миоглобина кашалота. Третичная структура отличается от вторичной разнообразием и нерегулярностью связей между далеко отстоящими друг от друга радикалами аминокислот. Форма молекул - глобулы. Виды связей: Электростатического притяжения или отталкивания ( ион-ионные взаимодействия) Водородные связи между пептидными группировками и между радикалами аминокислот Гидрофобные взаимодействия между неполярными радикалами Взаимодействия между ионами металлов ( простетические группы) и радикалами аминокислот Возможны S – S связи (особенно в секретируемых белках).
Именно на уровне третичной структуры большинство белков становятся функционально активными. Процесс укладки полипептида в единственно правильную, функционально активную структуру – ФОЛДИНГ
Условия для «правильной» укладки белковой цепи в пространстве создаются ШАПЕРОНАМИ – белками-»няньками», окружающими вновь синтезируемый белок, отграничивающими его от окружающего пространства, от контактов с другими молекулами.
Шапероны –комплексы из нескольких белковых субъединиц, формирующих бочонок с внутренней полостью, где происходит «перебор» всех возможных конформаций созревающих белков до достижения наиболее выгодной. Шапероны разделяют на 6 классов (по молекулярной массе:от 110 до 15 кДа). Фолдинг –энергозатратный процесс, в составе шапероновых комплексов есть белки с АТФ –азной активностью. Шапероны, как и другие белки м.б. конститутивными и адаптивными (белки теплового шока).
Олигомерные (состоящие из 2 –х и более субъединиц-протомеров ), соединенных слабыми, нековалентными связями. М.м. более 50 кДа. Эти связи легко разрушаются при температурных воздействиях, УЗ, механических воздействиях, в присутствии детергентов, больших концентраций солей. Субъединицы м.б. одинаковыми (фосфорилаза) или различными (ЛДГ, КФК,Н b). Кооперативный эффект. Явление самосборки.
Генетически заданная, единственно энергетически выгодная и функционально активная Пространственная конформация лабильна, подвижна в определенных пределах (происходят функциональные изменения или под влиянием условий среды).
Видовая специфичность белков. Филогенетически близкие организмы имеют сходные по строению белки. Белки, выполняющие одинаковые функции у организмов разных видов также очень похожи. Индивидуальная специфичность белков. Организм опознает чужеродные белки. Разные молекулярные формы белков. Значимые и незначимые замены аминокислот.
Белковые молекулы очень гетерогенны по всем физико-химическим свойствам: молярной массе, растворимости, суммарному заряду. Эти различия используются для выделения, разделения и идентификации белковых фракций.
Белковые растворы обладают свойствами истинных растворов (гомогенны, устойчивы) и свойствами коллоидных систем (обусловленных в основном большой молярной массой частиц).
1. Опалесценция и способность рассеивать лучи видимого света (Эффект Тиндаля ) 2. Малая скорость диффузии 3. Не способны проходить через полупроницаемую мембрану. Высокое онкотическое давление. 4. Высокая вязкость растворов. Переходы золь гель.
Зарядом молекул Способностью образовывать мицеллы, окруженные гидратной оболочкой Необходимо различать растворимость и гидратацию (способность связывать молекулы воды)!
1. Изменение рН среды. При рН, равном ИЭТ белки теряют заряд, агрегируют и осаждаются из раствора. 2. Присутствие солей. Малые концентрации электролитов увеличивают растворимость, большие –действуют как водоотнимающее средство (высаливание). 3. Изменение температуры. Нагревание увеличивает растворимость, высокие температуры денатурируют белок. 4. Присутствие органических растворителей (спирт, эфир, хлороформ), алкалоидов (кофеин, таннин) и др. водоотнимающих средств. 5. Присутствие ионов металлов. 6. Действие неорганических кислот, щелочей. Денатурированные белки теряют растворимость. Осаждение – всегда ли признак денатурации ?
Осадить белок из раствора можно под действием центробежной силы. Каждая частица имеет свой коэффициент седиментации. Скорость осаждения зависит от величины центробежной силы, плотности и вязкости растворителя, размера, формы частиц и их плавучей плотности. Ультрацентрифугирование применяют в аналитических и препаративных целях : Скоростное центрифугирование Седиментационное равновесие Центрифугирование в градиенте плотности
R x T x S M = ---------------- D x (1- ur ) R – газовая постоянная T – абсолютная температура S – коэффициент седиментации D – коэффициент диффузии u - удельный объем, занимаемый 1 граммом вещества r - плотность растворителя
Применяется для разделения клеток, внутриклеточных структур с разной плавучей плотностью и соответственно, разным коэффициентом седиментации. Из гомогената тканей ядра и фрагменты мембран осаждаются при центробежном ускорении 1000 g ( g = 9,8 м/сек); митохондрии и лизосомы –при 3300 g ; фракция микросом –при 1 6 000 g ; конечный супернатант (растворимая фракция белков) – 100 тыс. g.
Структуру молекулы можно определить по результатам рентгеноструктурного анализа (кристаллы); ядерно-магнитного резонанса (растворы белков). Форму молекул – по результатам вискозиметрии
Электрофорез: Тизелиус, 1937г. Свободный э / ф по методу движущейся границы; Э / ф в тонком слое буфера на твердых носителях (бумага, АЦ - пленка); Диск-электрофорез в полиакриламидном геле (разделение по заряду и размерам молекул)
Хроматография: Ионо - обменная (по заряду) Распределительная (по растворимости) Гель-фильтрация (по массе) Адсорбционная (по способности адсорбироваться на определенных веществах) Аффинная (по сродству)
Образуются путем лимитированного протеолиза из крупных белков –предшественников или внерибосомальным синтезом. БАВ (действуют в концентрации 10 -8 -10 -12 М). Естественные регуляторы, эндогенные «лекарства». Распадаются путем гидролиза до аминокислот, т.е. без образования токсических веществ. 1953г., В.Де Винью. Искусственный синтез окситоцина. Началась эра синтеза пептидов и белков, в частности для использования в качестве лекарств.
Эндорфины, энкефалины Тафтсины Кейлоны Вазопрессин, окситоцин Ангиотензин Кинины Гастрин, секретин
Сывороточный белок (более половины всех белков плазмы), неспецифическая транспортная система плазмы, обеспечивает онкотическое давление плазмы крови. Простой белок, одна полипептидная цепь(584 аминокислот), 17 S –S мостов, 66700 Да. Ассиметричная глобула с тремя повторяющимися гомологичными областями. Кислый, отрицательно заряженный (насыщен остатками глютамата).
Хромопротеины (гемопротеины, хлорофиллы, флавопротеины) Металлопротеины (ферритин, трансферрин). Фосфопротеин ы (казеин, фосвитин) Гликопротеины (муцин, коллаген, фибриноген, церулоплазмин) Нуклеопротеины (ДНП,РНП) Липопротеины (ХМ,ЛПОНП, ЛПНП,ЛПВП)
Результат эволюции механизмов переноса и депонирования кислорода. О 2 может растворяться в плазме, связываться со свободным гемом, с Н b, с Н b в составе эритроцитов (при этом эффективность связывания О 2 возрастает многократно). Миоглобин и гемоглобин – сложные белки ( апопротеин + гем ). Гем –органическое вещество (протопорфирин = 4 пиррольных кольца + Fe 2+.)
Н b Миоглобин Цитохромы митохондрий и микросом Каталаза Пероксидаза Функция гема различна. Зависит от его белкового окружения. Наличие гема влияет на пространственную структуру апочасти.
Гем +апобелок (1 полипептидная цепь, 150 аминокислот). М.м.=17,8 кДа, 75% a - спирализации. Плотная глобула (45х35х25 Å ), уложенная вокруг Fe 2 +,связанного с 2- мя остатками гистидина.Снаружи –тир, тре; внутри - лей,вал, мет, фен. 1957 г., J. Kendrew,рентгеноструктурный анализ миоглобина.
4 гема + 2 a- и 2 b- полипептидных цепи. М.м. 66 кДа. Белок четвертичной структуры. Субъединицы проявляют кооперативный эффект при связывании с кислородом. a – и b - цепи простанственно схожи с полипептидной цепью миоглобина. M. Perutz, кристаллография Н b. Функционально мио- и гемоглобин различаются! Насыщаются кислородом при разном давлении. Н b – аллостерический белок ! Сродство к О 2 зависит от рН среды, парциального давления кислорода и углекислого газа, присутствия 2,3 дифосфоглицерата.,
